De Spanjaarden kwamen in 1499 voor het eerst op het eiland. Ze vonden het maar niks zo te lezen in de verslagen. Er was geen goud of zilver te vinden.
Ze bleven dan ook niet lang.
Een paar jaar later later kwamen ze terug. Om het enige dat waarde had op te halen, de bevolking. De bewoners werden naar wat nu Haiti en de Dominicaanse Republiek heet gebracht. Daar mochten ze aan de slag op de suikerplantages.
Bonaire bleef ruim tien jaar onbewoond.
In 1527 krijgt Juan de Ampues van de Spaanse koning toestemming om het eiland weer te ontwikkelen. Ampues haalde een paar honderd van de tweeduizend gedeporteerde oorspronkelijke bewoners terug. Het lukte niet echt om er iets van te maken, Ikki’s eiland werd gebruikt als verbanningsoord.
Het handjevol bewoners overleefde ternauwernood door wat landbouw en veeteelt.
Honderd jaar later besloten de Nederlanders het eiland te veroveren. In 1636 werd Ikki’s eiland officieel Nederlands grondgebied.
De vraag waarom Nederland het eiland onder haar hoede nam en heeft gehouden is nog altijd een onderwerp van discussie voor historici.